黑叉尾海燕是一種在東亞島嶼繁殖的夏鳥。經確認，福岡縣沖島的附屬島嶼小屋島就是黑叉尾海燕的繁殖地。據推測，1970年代在小屋島上繁殖的黑叉尾海燕就有大約200對，1987年至2009年間，由於遭到溝鼠入侵，黑叉尾海燕的繁殖地遭到毀滅性破壞，黑叉尾海燕也被環境省列入第二類瀕危動物紅色名錄。