黑叉尾海燕是在东亚岛屿上繁殖的夏候鸟。在福冈县,其被发现在冲之岛附属岛屿--小屋岛上繁殖。据推测，20世纪70年代曾有约200对黑叉尾海燕在小屋岛上繁殖。1987年与2009年，由于褐鼠入侵，黑叉尾海燕遭受毁灭性打击。在日本环境省濒危物种名录中被列为II类濒危物种。